Aplikasi DNA Barcode untuk Identifikasi Jenis–Jenis Kemenyan (Styrax sp) di Sumatera Utara

Abstract

Barcode DNA memungkinkan identifikasi spesies secara tepat dari analisis urutan DNA unik dari gen target. Penelitian ini dilakukan untuk mengembangkan barcode dari berbagai jenis Styrax spp yang tumbuh di Sumetera Utara. Empat spesies Styrax yang tumbuh di Sumatera Utara, masing-masing diwakili oleh dua individu, dikumpulkan dari tiga kabupaten di Sumatera Utara dan dievaluasi menggunakan dua wilayah pada genom plastid (matK dan rbcL) untuk membedakannya pada tingkat spesies. Hasil penelitian menunjukkan bahwa matK memperoleh hasil 894 bp setelah disejajarkan, namun tidak ada identifikasi yang tepat terhadap tingkat spesies dimana gen matK hanya membedakan empat spesies yang dikenal menjadi dua kelompok, masing-masing kelompok terdiri dari spesies yang berbeda. Gen rbcL menghasilkan 588 bp dan tidak menunjukkan variasi untuk semua spesies, menentukan semua spesies menjadi satu jenis haplotipe yang sama. Selanjutnya, gabungan matK + rbcL akan memberikan hasil yang serupa dengan pengelompokan matK. Dengan mempertimbangkan keragaan lokus ini, diduga matK + rbcL tidak cukup kuat untuk menentukan Styrax yang tumbuh di Sumatera Utara sampai tingkat spesies. Penemuan ini menunjukkan perlunya menemukan gen kandidat atau penanda lain yang berpotensi membantu dalam membedakan berbagai jenis tumbuhan Styrax di Sumatera Utara, serta genus Styrax lainnya.

DNA barcoding enables precise identification of species from analysis of unique DNA sequence of a target gene. The present study was undertaken to develop barcodes for different species of Styrax spp growing in North Sumatera- Indonesia. Four species of Styrax, each represented by two individuals, collected from two districts in North Sumatera were evaluated using two regions in the plastid genome (matK and rbcL) in order to discriminate them at species level. Result showed that matK yielded 894 bp after alignment, however there was no precise identification to species level in which the matK gene only differentiate the four known species into two group, each group consisted of different species. The rbcL gene yielded 588 bp and showed no variation for all species, those it determined all species into one same haplotype. Furthermore, combined matK + rbcL will give similar result to those of matK grouping. Considering the overall performance of these loci, we suggest matK+rbcL is not strong enough to determine Styrax growing in North Sumatera to the species level. These findings showed the necessity to find other candidate genes or markers that can potentially be helpful in delineating the various species of Styrax growing in North Sumatera, as well as other related Styrax genera.