Identifikasi Gen Myostatin (MTSN) pada Kambing Kacang dan Kambing Peranakan Etawah di Deli Serdang

Abstract

Goats in Indonesia have potential that has not been utilized optimally, even though goat meat in demand by Indonesian people were high. Needs to be done an effort to improve carcass quality of local goat. One approach that can be done is with a molecular approach or used adopting molecular or marker assisted selection ( MAS ). A gene that can used as marker of carcass quality is myostatin genes (MSTN) exon 1. The purpose of this study was to obtain the polymorphisms of the MSTN gene in local goat in Deli Serdang District used PCR-RFLP and sequencing methode and find SNP in the fragmen target MSTN gene exon 1. The number of sample used were 60 heads of goats consisted of 30 Kacang goats and 30 PE goats from Galang, Hamparan Perak and Namorambe , Deli Serdang district. The MSTN gene forward primer 5’-AGAACAGCGAGCAGAAGGAA-3’ and reverse 5’-CGTCGTAACGTGGTAGTCAT-3’, the enzyme for restriction was HinIII. The polymorphisms of the MSTN gene were identified by PCR RFLP and direct sequnencing method. To determine Hardy-Weinberg equilibrium status, both Allele and genotype frequencies were analyzed. To alignment sequencing result have done analyzed using BioEdit and MEGA6 softwere. The result showed that there is MSTN gene exon 1 have found SNP in 53 point at Kacang goats and PE goats in Galang, Hamparan Perak and Namorambe, Deli Serdang district is monomorphic. Only one genotype from MSTN exon 1, there is AA. For Heterozigosity and HW equilibrium is 0, because only one genotype that found in MSTN gene in this research. Myostatin gene at Kacang goats and PE goats population in Deli Serdang District are monomorphic.

Kambing di Indonesia memiliki potensi yang belum dimanfaatkan secara optimal, padahal daging kambing banyak diminati oleh masyarakat. Untuk itu perlu dilakukan upaya peningkatan kualitas kambing lokal kearah perdagingan. Salah satu pendekatan yang dapat dilakukan adalah dengan pendekatan molekuler atau dengan kata lain dengan menggunakan Marker Assisted Selection (MAS). Gen yang digunakan sebagai marker adalah gen Myostatin (MSTN). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifkasi keragaman gen MSTN pada kambing lokal di Kabupaten Deli Serdang dengan menggunakan metode PCR RFLP dan sekuensing, menentukan SNP pada frgamen target gen MSTN ekson 1. Jumlah sampel yang digunakan adalah 30 ekor kambing Kacang dan 30 ekor kambing PE yang berasal dari kecamatan Galang, Hamparan Perak dan Namorambe dengan jumlah masing-masing wilayah 10 ekor. Amplifikasi gen MSTN ekson 1 menggunakan primer forward 5’-AGAACAGCGAGCAGAAGGAA-3’ dan reverse 5’-CGTCGTAACGTGGTAGTCAT-3’, yang dipotong enzim restriksi HinIII. Keragaman genetik yang diamati adalah frekuensi alel, frekuensi genotipe, heterozigositas dan keseimbangan populasi. Dan penyejajaran hasil sekuensing dilakukan dengan menggunakan aplikasi BioEdit dan MEGA5. Hasil analisis Gen Myostatin ekson 1 pada titik mutasi ke-53 pada kambing Kacang dan kambing PE di daerah Galang, Hamparan Perak dan Nomorambe di Sumatera Utara bersiat monomorfik. Hanya satu genotipe dari gen MSTN ekson 1 yang ditemukan baik pada kambing Kacang maupun kambing PE yaitu genotipe AA. Untuk nilai heterozigositasdan keseimbangan populasi bernilai 0 dikarenakan hanya satu genotipe yang ditemukan dalam penelitian ini. Gen Myostatin pada poplasi kambing Kacang dan PE di Kabupaten Deli Serdang bersifat monomorfik.