Analisis Keanekaragaman Genetik Durian (Durio zibethinus Murr.) Sumatera Utara Menggunakan Marka Simple Sequence Repeats

Abstract

Genetic diversity of plant has an important role to preserve the sustainability of ecosystems in general and specifically for the plant itself. The durian plant is an important component of the ecosystem in Sumatera Utara, because durian is one of the prominent plants in this province. The information of the durian’s genetic resources in Sumatera Utara is required to assist the conservation activities and improvement varieties of durian. The genetic diversity analysis of durian Sumatera Utara applying Simple Sequence Repeats (SSR) technique was conducted at Genetics Laboratory-University of Sumatera Utara (USU) and at Seed Quality Analysis Laboratory-Indonesian Tropical Fruit Research Institute (IFTRI) from January to September 2016. Total DNA extracted from 48 accessions collected from Sumatera Utara province was examined by using six (6) SSR primers. DNA isolation CTAB-based method was optimized at concentration of 2% and 4%. Amplification results were scanned, determined by using software GeneMarker V2.6.7. The raw data were converted to binary data and analyzed by using NTSYSpc V2.02 to construct the dendogram. This study shows that concentration of CTAB 4% can isolate DNA with a better quality, indicated by the high value of DNA purity. Six (6) SSR locus were successfully amplified among 48 accessions durian of Sumatera Utara and are polymorphic. Based on the results of the dendogram, it shows a coefficient ranging between 0.48-1.00. Cluster analysis classified the accessions into 9 groups at coefficient similarity 0.63 unaffected geographical distribution. The data indicates that Sumatera Utara durian has a high genetic diversity.

Keanekaragaman genetik suatu tanaman memiliki peranan penting dalam menjaga kelestarian ekosistem secara umumnya dan secara khusus bagi jenis tanaman itu sendiri. Tanaman durian merupakan komponen penting bagi ekosistem Sumatera utara, karena tanaman ini merupakan salah satu jenis tanaman yang menonjol di wilayah ini. Informasi keanekaragaman genetik durian Sumatera Utara perlu disediakan untuk membantu kegiatan pelestarian dan lebih jauh untuk kegiatan perbaikan varietas. Penelitian keanekaragaman genetik durian Sumatera Utara menggunakan marka SSR telah dilaksanakan di Laboratorium Genetika FMIPA USU dan Laboratorium Uji Mutu Benih Balai Penelitian Tanaman Buah Tropika pada bulan Januari hingga September 2016. Optimasi metode isolasi DNA berbasis CTAB dari daun durian dilakukan pada konsentrasi 2% dan 4%. Analisis keanekaragaman genetik 48 aksesi durian yang dikoleksi dari 8 kabupaten di Sumatera Utara diamplifikasi menggunakan enam lokus SSR. Hasil amplifikasi yang terpindai selanjutnya dibaca menggunakan software GeneMarker V2.6.7. Hasil pembacaaan ale-alel dikonversi dalam bentuk data biner yang dianalisis menggunakan NTSYSpc V2.02 untuk mengkonstruksi dendogram. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi CTAB 4% dapat mengisolasi DNA dengan kualitas lebih baik yang ditunjukkan dengan nilai kemurnian DNA yang tinggi. Enam (6) lokus SSR yang digunakan berhasil diamplifikasi pada 48 aksesi durian Sumatera Utara dan bersifat polimorfik. Dendogram yang terkonstruksi menggunakan metode UPGMA menunjukkan koefisien kemiripan 0.48-1.00 dan membagi 48 aksesi durian Sumatera Utara menjadi 9 kelompok pada koefisien kemiripan 0.63 tanpa dipengaruhi sebaran geografis. Berdasarkan data ini menunjukkan bahwa durian Sumatera Utara memiliki keanekaragaman genetik yang tinggi.