Deteksi Sekaligus Pembedaan Galur Secara Langsung dari Spesimen Klinik dan Isolat Mycobacterium Tuberculosis dengan Teknik Spoligotyping

Abstract

Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Salah satu penyebab kegagalan pengendalian tuberkulosis di Indonesia, adalah karena lemahnya deteksi dini kasus infeksi disamping kegagalan terapi kasus yang resisten terhadap obat anti tuberkulosis dan hambatan dalam melakukan kontrol tuberkulosis. Dengan ditemukannya teknik molekuler spoligotyping (spacer olygonucleotide typing) yang dilakukan berdasarkan polimorfisme/keragaman spacer diantara daerah direct repeat (DR) pada genom M tuberculosis complex, dapat dilakukan pembedaan galur-galur diantara M tuberculosis complex. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi cepat sekaligus dapat membedakan galur M tuberculosis langsung dari spesimen klinik tanpa melakukan pembiakan kuman. Sebanyak 29 sampel klinik bakteri M tuberculosis, terdiri dari 5 sampel sputum penderita tuberkulosis dan 24 sampel isolat M tuberculosis dilakukan pemeriksaan mikroskopik 8TA, pembiakan pada medium Lowenstein-Jensen, uji biokimia, uji resistensi serta ekstraksi DNA. Sebagai standard digunakan I galur M bovis BCG dari vaksin BCG. DNA dari sampel isolat diekstraksi dengan fenol-kloroform, DNA dari sampel sputum dan M. bovisBCG diekstraksi dengan metode Boom. DNA hasil ekstraksi dibuktikan dengan teknik PCR menggunakan pimer Pt8 & Pt9 untuk melihat fragmen spesifik DNA Mituberculosis complex berukuran 541 bp. Pada teknik spoligotyping, uji PCR dilakukan dengan primer DRa dan DRb berlabe1 biotin untuk amplifikasi sekwens direct repeat (DR) DNA M tuberculosis complex. DNA hasil amplifikasi dihibridisasi dengan 1 set pelacak yang terdiri dari 43 jenis oligonukleotida spacer, menggunakan membran Hybond N+. Deteksi DNA hasil hibridisasi dilakukan dengan Streptavidin Horseradish Peroksidase dan alat deteksi substrat khemiluminesen ECL (Amersham) kemudian dipaparkan pada film sinar-X( Kodak). Hasil dan Kesimpulan: Sebanyak 8 sampel klinik dari penderita tuberkulosis dan 1 sampel M bovis BCG, telah dianalisis dengan teknik spoligotyping. Hasil identifikasi dari 9 sampel yang dihibridisasi menunjukkan 8 pola hibridisasi yang berbeda, satu diantara isolat MDR yang dianalisis, mempunyai pola hibridisasi yang identik dengan galur Beijing yang ditemukan luas di Asia Timur dan juga telah ditemukan di Inggris, Dua sample sputum dari seorang penderita tuberkulosis yang dikumpulkan dalam 2kali pengambilan yang berbeda rnemberikan pola hibridisasi yang sama, Teknik spoligotyping dapat diterapkan langsung pada sampel klinik untuk deteksi cepat infeksi M tuberculosis sekaligus dapat membedakan galur kuman pada penderita tuberkulosis, sehingga dapat digunakan untuk diagnosis dan pemantauan penyebaran kuman penyakit tuberkulosis.